Yara Siilinjärvi on yksi konsernin monipuolisimmista toimipaikoista. Tehtaiden yhteydessä toimii EU-alueen ainoa fosfaattikaivos. Avolouhoksista saatavasta malmista rikastetaan apatiittia, josta saadaan maailman puhtainta fosforia lannoitteiden ja rehufosfaattien raaka-aineeksi.
Kaivoksen ja tehtaan historia alkaa vuodesta 1950, jolloin malmiesiintymä löydettiin Siilinjärveltä. Päätös tehtaiden perustamisesta tehtiin 1967. Tehtaiden toiminta alkoi vuonna 1969 ja kaivostoiminta kymmenen vuotta myöhemmin.